出生於台南市，1951 年台南二中畢業考上成功大學土木系，1963 年赴美留學， 1967 年獲密蘇里大學（University of Missouri ） 土木碩士學位，之後到芝加哥的 Pioneer 工程顧問公司就業。
林明哲是台獨聯盟在芝加哥地區的早期盟員之一，積極參與芝加哥地區的台灣人社團及活動， 1975 年，林明哲全家參與在華盛頓台灣人民眾大會遊行，林明哲的大女兒Jean、兒子David 與林錦弘、吳波平的兒子 John，四位台美人後代在白宮前以鎖鏈鍊住自己，要求釋放台灣政治犯，成為海外人權救援運動不朽的影像紀錄。
林明哲在 1981 年擔任全美台灣同鄉會會長。
1991 年闖關行動中王康陸、林明哲、陳榮芳三人經由水路秘密偷渡成功。1991 年 10 月 16 日暗黑的夜即將來臨，他們三人在香港外海約 6 公里處乘坐台灣的小漁船，大約在夜間 8PM 出發航向台灣。根據林茗顯於 2013 年與林明哲的訪談有如下口述記錄：這漁船很小，下層船艙只夠四人坐著或躺下，無法站立。船在海上搖晃非常厲害，王康陸和陳榮芳都吐，當夜三人都進入船艙躺下。深夜醒來發現船好像不是行進中，原來是船機設備故障，無法行進。小船在深夜汪洋大海中漂流，將漂向何方？船機曾故障兩次，白天船機在修理中時，雖然看到大船經過，他們沒有向大船求援。求援就等於闖關破功。船機修復後，繼續航行，出發後第三天、18 日下午約三時接近台灣外海，看到久別 28 年的台灣島…
這是與生命搏鬥的闖關之行，返台數日，林明哲於 10 月 31 日在宜蘭被 KMT 抓到，11 月 1 日被驅逐出境遣送回美國。當他回到芝加哥後，林茗顯探詢闖關經過，對於秘密管道三緘其口，問他當時不緊張嗎？他說從未坐過小船在汪洋大海飄搖過，而且面對茫茫不可知的前程，心情可想而知。他說在海上七上八下搖幌，心一橫，想「頂多一條命」，才平靜下來。