黃昭堂主席，一九三二年九月二十一日，出生於原台南縣七股鄉下山仔寮漁村的小康之家，家中擁有不少漁塭。他的父親黃賜川原在糖廠做包工，後來經營漁塭。
二二八事件那年（一九四七），他的父親因為擔任當地二二八處理委員會的糧食委員，而遭到二十多位憲兵包圍他家，當時五、六名中國兵闖進屋內要抓他父親，他們問唸初中二年級的黃昭堂，他回答不知道，當場被阿兵哥毆打，他的父親雖然沒被抓到，但是躲了一陣子之後，家人拿出四十萬台幣和一部卡車向台南憲兵隊長「疏通」後，才安排他父親出面辦理自首，而逃過一劫。
除了二二八事件的見聞以外，當時台灣人被強制說北京話，以及在台南一中被強迫入黨等經驗，都造成黃昭堂日後對「中華民國體制」的反感。
在台南一中（初、高中）就學六年的黃昭堂，曾是王育德教史地的學生。台大經濟系畢業後，一九五八年役畢後赴日留學，在東京大學攻讀國際政治。當時王育德先生也因其兄王育霖檢察官在二二八被捕失蹤，輾轉逃亡到香港、日本。
一九六○年，在明治大學講師王育德的提議下，黃昭堂、廖春榮等六位東京大學留學生，創辦日文版的「台灣青年」刊物，鼓吹台灣人意識，宣傳台灣獨立的啟蒙運動，成為日後海外最有組織力與宣傳力的「台獨聯盟」前身，黃昭堂也成為台獨聯盟的「第一代元老」，同時也是海外台獨運動三十多年來的核心幹部。他結合日本、美國、加拿大、歐洲與南美各地同志，成立世界性的台灣獨立聯盟，促成一九七○年代海內外台灣人的大團結，開啟了台灣人對台獨運動的全面性參與。
一九六二年，黃昭堂即因參加「台灣青年」而被中華民國駐日領事吊銷謢照，為了延長在日居留權，他和「台灣青年」的同志相約，儘可能拖延不拿學位，而能全力投入台獨運動。
他在東大唸碩士三年、博士五年。在學期間，黃昭堂不但有妻小家室，又在一九六四年被推選為「台灣青年會」的第二任委員長，他深感責任重大，由於國民黨四處派人打聽秘密盟員，並發生陳純真洩密事件，加上他的家人也在壓力之下，不敢寄錢接濟他，使得他在種種困窘和壓力下，往往無法入睡，甚至半夜驚醒。
黃昭堂早期的讀書，可說是為了從事台獨運動而逼出來的，當時他認為應該將時間花在向留學生宣揚台獨理念和募款上，如果整天泡在圖書館實在有罪惡感，但是受到王育德的治學研究精神影響，加上他曾在日本國會圖書館認識哈佛大學出身的中國通，幾次與他辯論台獨問題後，他開始勤讀台灣史，也練就出一套「台獨運動」的破英語。
一九六二年他在日本得知台灣島內蘇東啟台獨武裝起義事件，逮捕了二、三百人。黃昭堂就以破英文，打字寄出人權救援信，向美國朋友求救，讓原本被判死刑的蘇東啟等三人，免於一死。
黃昭堂幾乎將全部的時間投入台獨運動。一九六八年他的同志柳文卿因在日簽證到期，前往入出國管理局辦理延長簽證，竟遭逮捕，將被遣返台灣，黃昭堂率領同志趕到羽田機場搶救，但是柳文卿仍被送回台灣，黃昭堂等人則被送到拘留所。
值得一提的是，黃昭堂為紀念已故大哥黃有仁，他常以黃有仁名字發表台獨運動文章。另外，又用自己本名黃昭堂發表學術文章，一人兼兩職，每每在忙完台獨工作，他才利用夜晚時間勤於讀書、寫論文。
柳文卿事件後被拘留時，他才趕出交給東京大學的博士論文《台灣民主國之研究》。後來他的這本博士論文，由東京大學出版會出版，是第一位外國留學生的論文專書。他的東京大學博士學位證書，也在他的堅持下，打破慣例，將他的國籍寫為台灣。
黃昭堂在一九七六年和彭明敏聯名出版的《台灣在國際法上的地位》，則是他以國際法的觀點論證「台灣地位未定論」的學術著作，為台灣獨立建國提供了重要的學術理論。他所寫的《台灣總督府》，則是日本時代台灣史的簡要入門書，在日本、台灣都不斷再版。另外，一九八七年寫作的《台灣，爆發力的祕密》，分析台灣中小企業的活力，更在日本成為暢銷書。
一九九二年十一月二十五日，黃昭堂結束長達三十四年的黑名單限制，終於和妻子黃謝蓮治女士，回到台南七股下山仔寮袓厝，祭拜早逝的父親，以及黃昭堂的袓母與母親和妻子的雙親。當年他們都因名列國民黨的黑名單，無法奔喪，只能在日本看親人出殯的錄影帶而泣不成聲。
一九九五年黃昭堂出任台灣獨立建國聯盟主席，他審視台灣現實情勢，以「成功\不必在我」的精神，無私奉獻於獨立運動。當時由於昭和大學教授任期尚未結束，夫妻兩人每兩週往返於台灣、日本之間，一面在台灣參與獨立建國工作，一面回日本教書。一九九八年從大學退休後，夫婦即定居台灣。
二○○○年五月民進黨執政，黃昭堂擔任總統府國策顧問，同年六月成立台灣安保協會，擔任理事長。二○○四年總統大選期間，他擔任「二二八百萬人牽手護台灣」總指揮，他常說這是一生很得意的一件事。
不幸的是二○○四年九月六日，他的牽手謝蓮治因病過世。同年十二月五日他在義光教會由許\承道牧師領受洗禮。
黃昭堂主席有睿智的見解和寬大的包容力，二○一一年二月二十五日，他率先推薦蔡英文主席為民進黨總統參選人，十月十一日在報紙發表文章支持蔡英文關於「台灣共識就是民主共識」的主張。二○一一年十一月十七日上午，黃昭堂主席因主動脈剝離驟然辭世，令人不捨和難以接受這個事實。
黃主席一生全部奉獻於台灣獨立建國運動，是個台灣民族主義者。但是，他認為民族主義應該具有民主、包容的精神，因此特別將Nationalism翻譯為「那想那利斯文」，並希望他的墓碑被寫為：「台灣那想那利斯徒 黃昭堂之墓」。