1964 年，發生陳純真滲透台灣青年會事件。活動消息、中央委員當選名單被洩漏給國民黨公開。成員內部檢討發現是陳所為，於 6 月 22 日將其約出逼問。但過程中誤傷陳純真，造成委員長黃昭堂、委員戴天昭、許世楷、廖春榮、柳文卿、王天德、宗像隆幸等 7 人，被東京警視廳警察逮捕。1965 年 7 月，判決每人 8 個月至 2 年不等的刑期；但皆緩刑 3 年。
為了使《台灣青年》繼續出版，1964 年 8 月，曾參加「關子嶺會議」的侯榮邦和好友林啟旭承擔編務和組織工作，成為公開身分的盟員幹部，也成了國民黨鎖定的「黑名單」。1965 年，委員長辜寬敏任命侯榮邦擔任組織部長，保管除幹部外皆屬於秘密的盟員資料，他也成了國民黨特務鎖定擒獵、意圖遣送的重要目標。
當時許多畢業後沒有學籍的盟員是由辜寬敏作保、提供保證金的狀況下，免於被「收容」、遣返，繼續在外活動。但日本首相佐藤榮作於 1967 年訪台時，和國民政府達成密約，願設法遣返台獨聯盟幹部，讓國民黨政府同意接受遣送台灣籍毒品犯回台，並默認釣魚台屬於日本領土。
1967 年 8 月，林啟旭和張榮魁兩位盟員去入國管理局辦理延期居留簽證時，突然被收容並決定強制遣返台灣。兩人在收容所內展開絕食，有十位同志也在入國管理局前展開無限期絕食抗議，引起輿論關切。在另一方面，根據「政治犯不得引渡」的國際慣例，聯盟也聘請律師向東京地方法院提出行政訴訟。絕食到
第 7 日，林啟旭和張榮魁被送醫救治，抗議得以告終，強制遣返令也因提出訴訟暫停執行。日後聯盟幹部每人都備妥訴狀，以防事件重演。
居留問題仍未解決，聯盟許多幹部須每月前往入國管理局辦理報到手續。然而 1968 年 3 月 26 日，柳文卿依例前往時，入國管理局突然出示法務省的強制遣送令，將他扣留並拖延到 5 點下班後，才以電話通知保證人辜寬敏。大家認為事態嚴重，立刻召集緊急中委會，也透過關係得知次日早上遣送柳文卿的華航班機。徹夜研究對策後，有的人負責開車追蹤運載柳文卿的警車，伺機製造車禍拖延阻擋；另一路爭取上班後第一時間，向法院申請停止執行遣送。最後趕往機場的十位同志搶在登機前攔截搶救，仍一一被日本警察摔倒、排除。柳文卿雖咬破舌頭仍被強行押上機回台。此舉引發輿論撻伐，譴責這樣強制遣返的行為， NHK 甚至請獨盟成員現場還原紀錄報導。
自此，擔任組織部長的侯榮邦更擔心自己被強制遣送的後果，整個組織都將被危及。他備妥兩樣工具，一個是用來爭取時間的小刀，一個是真正用來自盡的氰酸鉀粉。小刀可以割傷腹部，造成大量流血警方必須將他送醫的情況，爭取救援時間。若不成功，他就服下預藏在長褲夾層裏的氰酸鉀粉，立即結束自己的生命。
侯榮邦不容許自己被遣送回台害了同志。他向吳枝鐘醫師索取氰酸鉀粉，用紅色的油紙包著，縫在長褲內襯的夾層裏，這件長褲只有在每個月去入國管理局報到時才穿，從來不洗。當核准下個月居留簽證的印章蓋下一刻，他就會對著自己說，至少還可以活一個月。一直到一年多後居留簽證逐漸安定，以及之後日本結束與國民黨政權正式外交關係後，才結束這一場惡夢。