「台灣獨立建國聯盟」的歷史，其實不只是「台灣獨立建國聯盟」本身的組織和活動而已。台灣的留學生在一九五○年代初期即在日本、美國等地組織各種社團，許多「台灣獨立建國聯盟」的成員也早在那時就參與這些社團了。在一九六○年代以後，各種社團更如雨後春筍地出現，最普遍的是各地的同鄉會和同學會，「台灣獨立建國聯盟」也是在這個時候成立的。
最初同鄉會是很鬆散的組織，只是一群人定期或不定期的聚會、聯誼、和郊遊，沒有章程、幹部、會員規定等等。而同學會則多以「中國同學會」為名，因為領導這些會的多半是親國民黨或是由世界各地來的華人留學生，且美國大學當局也弄不清楚中國與台灣的差別。參加同鄉會和同學會的人或許有某種程度的政治意識或立場，但同鄉會和同學會本身並無政治意識形態或立場的存在。但在後來，這些社團一方面受到具有高度台灣意識的會員、幹部或領導人的影響，一方面隨著台灣國內形勢的變化，逐漸成為反國民黨或主張台獨的社團。同鄉會開始有些政治性的活動，但卻不太明顯惟恐有些人不敢參加。原本的「中國同學會」有的被改名為「台灣同學會」，有的另起爐灶成立「台灣同學會」與「中國同學會」分庭抗禮。「台灣學生社」則是較後創立，以「台灣獨立建國聯盟」盟員為主的全美性的學生組織。
除了同鄉會和同學會之外，關心台灣的社團還有台灣人權會（1976）、北美洲台灣婦女會、以及較後成立的，如北美洲台灣人教授會、台灣人公共事務會（1982）、台灣國際關係中心、台灣公報、台灣人工程師協會、台灣人醫師協會、制憲運動海外聯盟、協志會、台美協會等等專屬或專業的社團。這些社團均冠以「台灣」之名，足見其強烈的台灣意識。其中又以「台灣人權會」和「台灣人公共事務會」的事工和政治的關係比較密切。海外台灣人許多參與上述多個社團，也就是俗稱的「一個人戴多頂帽子」。
由於「台灣獨立建國聯盟」的宗旨相當明確地要推翻國民黨政權和台灣獨立建國，是一個相當敏感的政治團體，在國外受當地情治單位的嚴密監視，更被國民黨政府認為是「叛亂團體」，其成員被視為「叛亂份子」，甚至被描述成刑事犯、恐怖份子，如被國民黨情治單位逮捕將受嚴厲之制裁。在國外雖無被國民黨情治單位逮捕的危險，但其在國外的活動受到國民黨情治單位的嚴密監視，但其在台灣的家人則可能備受國民黨政府的威脅和騷擾。因此以「台灣獨立建國聯盟」之名從事活動確實有不便之處，而以上述社團的名義活動則成為較方便、較不引起參加者的恐懼的方式。所以「台灣獨立建國聯盟」的許多活動透過這些社團來運作。在組織上，這些社團當然與「台灣獨立建國聯盟」並不亙相隸屬，互不侵犯，互不指揮，但在角色上及功能上雙方卻有很密切的配合，因為這些社團的領導人或幹部有很多是盟員。
一般而言，「台灣獨立建國聯盟」的盟員都是政治意識較強，也較活躍於各種社團的份子。因此它的盟員很自然地成為上述這些社團的活躍份子，甚至是領導人或幹部。當然有時為了影響這些社團的決策，它會鼓勵甚或刻意安排盟員競選這些社團的領導人或幹部。本盟盟員擔任各社團領導人或幹部的人士相當多，例如：曾任北美洲台灣人教授協會會長的陳隆志、林武男，曾任北美洲台灣婦女會會長的吳秀惠、方惠音、李素秋、柯翠園、黃美惠，曾任北美洲台灣人醫師協會會長的周烒明。由於篇幅所限，以下僅以「台灣人權會」、「台灣人公共事務會」和「台灣同鄉會」三個組織為例來敘述它們之間的關係及運作上的配合情況。
（一）「台灣人權會」
人權會主要在加拿大和美國，會員人數並不算多，但行動迅速，對人權議題的突發事件發動很快的反應，向國際媒體及政府發佈相關消息真相，對國民黨政府產生壓力，眾所周知的案子如「美麗島事件」、「陳文成事件」、「林義雄家屬命案」、「江南命案」、戒嚴令的廢除、刑法第一百條的修改、美國國務院年度人權報告加入台灣人權現況、台灣漁船和漁民陂外國政府古留的交涉，以及難以計數的台灣政治犯的救援等等都是透過人權會所做的事工。「加拿大台灣人權會」的重要幹部如林哲夫、李憲榮、吳景裕、蘇正玄、范正雄、林碧玲、陳星旭等等，「全美台灣人權會」的會長張丁蘭、羅清芬、許瑞峰、黃玉桂、王泰和、范清亮、黃根深、魏妙圭，重要幹部如李界木、莊秋雄、陳希寬、張信雄、謝博六、林麗華、林義雄、王德明、楊英育、楊惠喬、王圭雄、劉俊宏、蔡靜煌、蘇武德、李錦蓉等都是或曾是「台灣獨立建國聯盟」的盟員。
（二）「台灣人公共事務會」（FAPA）
FAPA是以「台灣獨立建國聯盟」為主的台獨團體原本討論設立電台計劃不成後的產物（常被戲稱為「電台的私生子」），其主要的宗旨和功能是從事於對台灣有利的國民外交工作。「台灣關係法」的制定，台灣二萬名移民美國的名額，加拿大和美國國會許多有利於台灣安全的法案（如最近在美國眾議院以壓倒性多數通過的「台灣安全加強法案」）和決議案，促進台灣人權和民主的決議案，以及在影響許多美國學界及媒體對台灣有利的言論和立場上，FAPA都做出很大的貢獻。其歷任會長中，蔡同榮、陳唐山、彭明敏、中央委員李憲榮、許世模、王康厚、吳明基等等（人數太多在此省略）都是或曾是「台灣獨立建國聯盟」的盟員。另外致力外交工作的台灣國際關係中心（CTIR）的蔡武雄與陳忠信也是盟員。
（三）「台灣同鄉會」
「台灣同鄉會」是海外台灣人社團裏包容最廣泛的組織。地方級的同鄉會的領導人或幹部固然很多是「台灣獨立建國聯盟」的盟員，即使是國家級甚至是世界級的領導人或幹部有很多也是。例如「在日台灣同鄉會」的會長中，林耀南、黃文雄、張良澤、「加拿大台灣同鄉會」的會長中，李憲榮、羅益世、張理邦、李重義、及重要幹部林哲夫、陳校賢、陳星旭等等，「全美台灣同鄉會」的會長中，葉國勢、吳木盛、林明哲、陳唐山、陳都、郭重國、林又新，「巴西台灣同鄉會」的會長中，吳彩瑜、周叔夜、簡如鏡、簡榮朗、「全歐台灣同鄉會」的會長中，鄭欣、邱榮增、何康美、胡炳三、林文德、李健夫、賴寬惠、邱上義（已過世）、吳尊和、蔡命時、邱啟彬、盧榮杰、「法國台灣同鄉會」會長張宗鼎，「意大利台灣同鄉會」會長陳主加，「澳洲台灣同鄉會」會長翁國揚，「紐西蘭台灣同鄉會」會長王獻極、陳定源等。
「世界台灣同鄉會聯合會」（簡稱「世台會」）的會長中，陳唐山、陳都、李憲榮、林文德、李界木、郭重國等等，副會長中賴文雄、蔡明憲都是或曾是「台灣獨立建國聯盟」的盟員。「世台會」曾被國民黨政府認為是「台灣獨立建國聯盟」的「外圍組織」，主要的原因大概是其領導多是「台灣獨立建國聯盟」的盟員，其實在組織上是各自獨立、各自為政的。多年來，各級同鄉會的領導人或幹部一直被國民黨情治單位列入「黑名單」，越高級的同鄉會的導人和幹部，在「黑名單」上的級數就越高（也就是越黑，越不可能取得回台的簽證）。「世台會」的歷任會長和幹部自然都是「黑名單」上的黑人物。
茲舉一具體例子說明「台灣獨立建國聯盟」與「世台會」密切配合的關係。一九八七年「加拿大台灣同鄉會」的會長李憲榮（現任「台灣獨立建國聯盟」中央委員兼國際關係部主任）接任「世台會」的會長，提出「打破黑名單、還我返鄉權」的口號，推動返鄉運動，決定在一九八八年以回台舉辦「世台會」的方式與國民黨政府正面對抗。當時「台灣獨立建國聯盟」正在計劃遷台，雙方建立很密切的合作關係。在組織上各自計劃和準備，在角色和功能上則很默契地配合，包括協助「世台會」在世界各地舉辦返鄉運動說明會及記者會。由於會長李憲榮本人和許多幹部和成員都是「黑名單」上的人物（許多也是「台灣獨立建國聯盟」的盟員），必然無法取得回台簽證，因此以此為主題，在台灣及國外（尤其是美國）舉行媒體說明會，引起廣大的注意。「台灣獨立建國聯盟」的盟員則以同鄉會會員的身份報名參加年會，聯盟組織則秘密地計劃以秘密管道或闖關的方式回台。結果有將近百名的「黑名單」人士（包括多名的「台灣獨立建國聯盟」盟員的太太）以秘密管道如願回台參加「世台會」的年會。對國民黨的「黑名單」政策產生極大的衝擊。
一九八九年，「世台會」鍥而不捨，再度回台舉行年會，會長李憲榮及「台灣獨立建國聯盟」的中央委員蔡正隆（已過世）及多名盟員順利偷渡回台參加年會，再度對「黑名單」政策正面挑戰，終使國民黨政府在二年之後逐漸撤銷「黑名單」，為「台灣獨立建國聯盟」的遷台行動舖路。