1987年台獨聯盟總本部喊出：「島內台獨運動公開化，返鄉運動全面化」口號，並獲得當時民進黨主席姚嘉文的支持，答應由民進黨促成世台會回台舉行年會。1988年夏天，張燦鍙的夫人張丁蘭與多位聯盟幹部的夫人羅清芬、葉明霞、劉真真，以及聯盟中央委員莊秋雄、公論報社長吳信志等人，都以改名的護照「闖關回台」，並且公開參加活動，後來他們都遭到取消簽證。
那一年的世台會，七十三歲的「婦女台灣民主運動」發言人陳翠玉，也抱病繞了半個地球，才取得簽證回台，次日她即因病住進台大。不久，曾任台大醫院護理部主任陳翠玉的病情惡化，而病逝於台大，寫下令人感傷的「為返鄉而死」黑名單故事。
1989年4月鄭南榕自焚事件後，更刺激了台獨聯盟展開一波波的闖關行動，首先是闖關回台的陳婉真出現在鄭南榕的出殯行列，並展開黑名單設籍抗爭。同年夏天世台會在高雄舉行年會，世台會會長李憲榮與聯盟中央委員蔡正隆闖關現身，後來遭強制驅離出境。
1991年，張燦鍙被再度選為聯盟總本部主席。
此後，各地的聯盟幹部郭倍宏、李應元、郭正光、王康隆、陳榮芳、林明哲、何康美、羅清芬、周叔夜先後成功闖關回台。但是，海外闖關的聯盟遷台幹部郭倍宏、李應元、王康陸、張燦鍙和島內的聯盟幹部鄒武鑑、江蓋世，以及台建的陳婉真、林永生、許龍俊等人陸續被捕入獄。遂引發台灣社會要求廢除「刑法第一○○條」的和平內亂罪的巨大聲音，終於逼使國民黨打破返鄉黑名單禁令，釋放台獨叛亂犯，承認台獨結社權。1992年6月27日，台獨聯盟台灣本部公開召開第二次盟員大會，中央委員改組，在黑牢中的張燦鍙連任主席，台獨聯盟在前仆後繼的坐牢攻勢下，終於完成遷盟回台和免除打壓的公開組織運作。