出生於台南，1943 年赴日就讀東京帝國大學文學部中國哲文學科，1944 年因躲避戰火疏散返台，二戰結束後，曾於自家教授北京話，與友人推展戲劇運動，並擔任台南第一中學教員。
1947 年發生二二八事件。3 月，曾任新竹市檢察官的兄長王育霖遇難。王育德經香港輾轉偷渡至日本，最後獲得政治庇護與特別居留，並復學進東京大學文學院中國語學科攻讀碩士。
1960 年 2 月 28 日，以王育德為中心的一群留日學生，成立編輯雜誌《台灣青年》為主的「台灣青年社」，鼓吹台灣人意識與啟蒙台灣獨立思想，日後逐漸成長進而組織在日留學生，再經改名「台灣青年會」、「台灣青年獨立聯盟」，日益確立「革命建國團體」的方向。王育德努力提攜後輩，不但以自家作為雜誌發行所與辦公處，肩負雜誌社初期募款重任，敦促協助《台灣青年》成員們精進論述，更在 1964 年起將組織領導的地位交給學生黃昭堂，自己退居幕後。
學術方面，王育德是台語文研究的先行者。在東大復學後即著手研究台語，更為了出版《台湾語常用語彙》賣房籌款。除了相關著作等身，他也於 1969 年以台語系統的研究獲得東京大學文學博士。此外，他於 1964 年出版的《台灣 — 苦悶的歷史》，更是啟蒙海內外台灣人重新認識台灣歷史的重要文本之一。
1974 年 12 月 26 日，二戰期間被日本徵召參戰的台灣原住民中村輝夫（台灣名李光輝），在印尼的原始林中被發現救出。以王育德為首的台獨聯盟日本本部認為日本政府對於台灣人原日本兵應該擔負補償賠償的責任。他在 1975 年催生了「台籍日本兵補償問題思考會」。然而推動此運動不遺餘力的王育德博士，卻不幸於 1985 年病逝，他的妻子王雪梅與女兒王明理接續其遺志，致力台籍日本兵補償運動。1988 年終於促成日本國會決議，支付弔慰金給台籍日本兵戰死者的遺族及戰時受傷者。此次運動歷經 17 年，迄1992 年，約 2 萬 8 千人受到補償。
著作/出版
《台灣民族論（漢文版）》 <上> <下>‧（日文版） <上> <中> <下>
《台灣語常用語彙》
《台灣─苦悶的歷史》
台灣海峽 全集 2
台語初級 全集 5
台灣話講座 全集 3
《閩語系研究》
《台灣語研究》
《福建語研究》