1959 年 12 月到日本，隔年 1960 年加入王育德、黃昭堂等人在二二八成立的「台灣青年社」，後來也加入 1960 年 4 月創刊的《台灣青年》的文章撰寫行列。1963 年他被吊銷護照，從此不能回台，以無國籍、特殊居留在日本生活，至 1992 年刑法 100 條修正，相隔 33 年，他才回到祖國台灣。
在日本攻讀博士到拿到教職之間，他無役不與，陳純真滲透到台灣青年社，因盟員誤傷陳純真，而與其他人一起被捕入獄；1966 年絕食抗議美國國務卿魯斯克（David Dean Rusk) 訪日；1970 年促成國際特赦組織（AI) 日本分部成立，展開救援台灣政治良心犯的工作。
1987 年到 1991 年接任張燦鍙為世界台灣獨立聯盟主席，適逢戒嚴解除，獨盟共同提出「海外返鄉運動普遍化、島內獨立運動公開化、台灣獨立問題國際化」( 根據陳南天補充第三點 )。1988 年鄭南榕和黃華發起的新國家運動回到台北時，適逢 12 月 10 日世界人權日，鄭南榕打算在《自由時代》第 254 期，刊登許世楷的〈台灣共和國憲法草案〉，作為運動的高潮。後來鄭南榕因此被控叛亂，他拒絕被拘捕、自焚明志。
許世楷擔任駐日大使期間 (2004-2008) 拜訪超過三百五十位的日本參、眾議員，促成 2005 年 9 月 26日起台灣赴日 90 日免簽證，後來各國循此一模式，讓台灣之後有一百多個國家入境免簽證。在任期間，他到日本各地演講近 600 場，身為外交官的他，在權衡折衝下，也用策略性模糊的「維持現狀」，簡言之，維持「台灣不是中國的一部分的」現狀、維持「台灣事實上 (de facto) 獨立的」現狀，目的在導向「台灣必須制定新憲法」。