因為 1949 年的四六事件的牽連而流亡海外，後來前往日本經商。因為 1964 年彭明敏〈台灣人自救宣言〉的刺激下，主動加入王育德、黃昭堂、許世楷等人成立的「台灣青年社」（1960），後來擔任日本台灣青年獨立聯盟的委員長（1965），投入許多資源，擴大日本獨盟的規模，同時大幅增加《台灣青年》寄送到美國等各地，擔任委員長期間，更發動許多示威遊行抗議。
1970 年因為中華民國退出聯合國將影響到台灣的未來，辜寬敏得知英國國會支持台灣留在聯合國，儘管他視蔣經國為台獨運動的敵人，不過為了台灣的未來，他還是寫信告知蔣經國。蔣經國因而多次邀請他共商國是，辜寬敏兩度拒絕，避免被國民黨利用而影響台獨運動。中華民國政府 1971 年失去了聯合國的中國代表權，蔣經國第三度邀請他「共商國是」，他接受了。
由於沒有告知台獨聯盟，辜寬敏因而遭到台獨聯盟的開除。而辜寬敏與蔣經國討論主題圍繞在：取消籍貫登記改由出生地、解除戒嚴、開放黨禁、放棄反攻大陸，以保衛台灣為優先等議題。至今辜寬敏依然念念不忘在日本參與台獨運動的八年，是他人生最有意義的時光。
1975 年回台灣定居，沉寂一陣之後，1990 年代，辜寬敏繼續他的台獨運動，他創辦雜誌、宣揚理念、他也不時在《紐約時報》、《華盛頓郵報》等外國媒體上刊登廣告，為台獨運動發聲。1996 年勸說彭明敏代表民進黨參選總統。2000 年本土政權首度執政，擔任總統府資政，因與陳水扁不合而離去；卻又在 2006 年紅衫軍倒扁時，審時度勢，力挺陳水扁所代表的本土政權。2008 年馬英九上台後，國民黨重返執政，辜寬敏並未因此失志，成立「新台灣國策智庫」 (2010)、「新台灣和平基金會」(2013)、「台灣制憲基金會」(2018)，號召各方人士，集結許多人才。辜寬敏對於台灣前途，主張制定台灣新憲法，並以「兄弟之邦」期許台灣與中國未來關係。