1964 年到日本早稻田就讀時，即加入當時的「台灣青年社」，1966 年擔任《台生報》創刊時主編、在日台灣學生聯誼會總幹事，因為他的獨派立場，很早就被國民黨吊銷護照。1968 年爆發日本遣返台獨運動者柳文卿，儘管黃昭堂等人試圖救援，還是無法攔下柳文卿被遣返的遭遇。當時中華民國和日本仍有邦交，因此，不見容國民黨，公開露面主張台獨的旅日台灣留學生，都可能被遣返、然後被關押，黃文雄亦不例外。
1973 年黃文雄和同志們，在日本成立同鄉會、也參與了 1974 年世界台灣同鄉會籌組的過程。同時間他也長期幫《台灣青年》寫稿，一直寫到 2002 年停刊為止 ( 共 500 期 )。不過，據黃文雄自述，在唸完早稻田、明治大學後，並沒有穩定的生活，四處打工， 1990 年代才正式成為職業作家， 1990 年代他大量生產，以日文處理中國、韓國問題，一年寫 4-10 本書，最多寫到 17 本書，產量驚人，據他所說，他一天 4 個小時的睡眠就夠了，持續好多年，他固定每年花在寫作時間上 200 天。黃文雄是繼陳舜臣、邱永漢之後，活躍於日本出版界的台籍暢銷作家，曾連續數年進入年度暢銷書排行榜十名內。
著名小林善紀的《台灣論》許多是參考黃文雄的觀點，也是他找到前衛出版社社長林文欽，促成這本書在台灣的發行。即使在成名之後，黃文雄不忘投入資源，推動台獨運動。黃昭堂回到台灣後，黃文雄擔任台獨聯盟日本本部委員長，肩負起日本台獨運動的發展。後來台獨聯盟同志羅福全、許世楷相繼被陳水扁政府派駐日本擔任代表，黃文雄和日本盟員共同發揮在日本的影響力，以民間協助推動台日關係，日本對台「免簽證」的宣傳活動，出力甚多。