1988 年12月10日國際人權日，《自由時代週刊》刊登了臺灣獨立建國聯盟主席許世楷所撰寫的《臺灣共和國憲法草案》，12月底，便因該草案主張分裂國土而遭查禁；鄭南榕被以涉嫌叛亂偵辦。但是他認為這是言論自由的範疇，因此無法接受因為刊登《臺灣共和國憲法草案》而被指控涉嫌叛亂。高等法院檢察署以叛亂罪嫌要求鄭南榕出庭，由於對國民黨打壓言論自由感到不滿，因此鄭南榕拒絕出庭。
1月27日時他宣布將自囚於時代雜誌社，並公然嗆聲：「國民黨不能逮捕到我，只能夠抓到我的屍體。」
4月7日鄭南榕以最激烈的方式自焚殉國。