島內獨派溝通會議第二次會議後擴大為召開海內外獨派溝通懇談會「馬尼拉會議」，由江鵬堅的台灣國際關係基金會發起。海內外台灣政治領袖，3/29-4/3在菲律賓馬尼拉舉行「海外懇談會」，討論台灣制憲，通過「制憲建國」策略。
1991年5月9日凌晨，法務部調查局幹員進入國立清華大學，拘提清大歷史研究所碩士生廖偉程；同日，逮捕國立臺灣大學社會學研究所畢業的文史工作者陳正然、社會運動者王秀惠與傳道士林銀福。政府宣稱上列4人接受旅居日本的台灣獨立運動者史明資助在台灣發展獨立台灣會（獨台會）組織，觸犯刑法一百條因而逮捕。並於同年5月11日逮捕協助林銀福張貼獨台會文宣的安正光。
1991年5月16日，台灣建國運動組織（簡稱台建組織）在台中成立，由陳婉真擔任召集人，林永生擔任總幹事，強調台建組織直接主張「台獨結社權」。 國民黨以超快速度發出「偵字第一號內亂罪」的傳票給陳婉真，要她四天後出庭應訊，陳根本不理會，堅持不出庭。6月22日，「刺蔣案」主角鄭自才闖關回台，在台中市陳婉真的「叛亂餐會」現身。作風強硬的台建組織，開始組成「台灣建國自衛隊」，行使為期21天的抵抗權，向國民黨展開激烈的抗爭。
第二次台灣島內外獨派懇談會於 1991 年 8 月 12 日在日本召開（東京會議）。由台灣建國研討會議、玉山基金會、台灣國際關係基金會主辦，李勝雄、賴義雄執行；議題有規劃建國程序及藍圖等，黃爾璇報告「強化決策和協調組織」
8/31 郭倍宏闖關回台被捕9/2李應元被捕10/18 島內的聯盟幹部鄒武鑑、江蓋世、許龍俊被捕10/18 王康陸、林明哲、陳榮芳三人從香港乘坐小漁船成功由水路闖關回到台灣10/20 王康陸於WUFI台灣本部盟員大會現身被捕(台北海霸王)12/7 張燦鍙返台被捕12/10的「人權之夜」，何康美和毛清芬在台北公開現身，周叔夜在高雄現身1992/1/23 陳榮芳被捕 他們以實際行動來證明台灣人為了返鄉不怕被捕被關，他們都是突破返鄉黑名單的大功臣。
9月7、8日，舉辦公民投票進入聯合國大遊行(中華民國被逐出聯合國20年)
李鎮源、陳師孟號召成立「100行動聯盟」，推除廢除〈刑法〉100條
台獨聯盟主席張燦鍙闖關於機場被捕
1992年1月23日 在台北市御書園（黃爾璇列席）第一屆中委會集會(在海霸王倉促成立者)，會中回台盟員陳榮芳被捕。
1992年3月28日完成制定台灣本部組織四種內規。台灣獨立建國聯盟盟章規定主席任期為二年，連選得連任，主席兼任直屬本部主席，必須在台視事；4月中旬在延平北路二段暫設大稻埕辦公室。
立法院3讀通過刑法第100條修正案，排除思想叛亂入罪。
1992年6月27日，台獨聯盟台灣本部第2次盟員大會在高雄祕密舉行，中委會改組，張燦鍙在獄中連任主席。
日本本部幹部許世楷、侯榮邦等一行15人返台，向台灣鄉親報到
「台灣評論」於1992年10月17日創刊，選在距71年前台灣文化協會成立之日，作為創刊日。最初一年，「台灣評論」委由一群志同道合的學者主辦。嗣後，隨著國內政論雜誌銷路的萎靡，遂改由台獨聯盟自編，作為贈送同好和宣揚理念的非商品性刊物。
總本部與台灣本部合併為直屬本部 1992年10月22-23日，台獨聯盟總本部在龍潭舉行島內第一次中委會，各地中央委員回台報到，24日上午全體到台北高分院張燦鍙調查庭聲援，審理後宣告准予假釋。
1992年9月30日台灣最高法院撤銷高等法院對張燦鍙主席的判決。10月24日台北高分院張燦鍙調查庭開庭，審理後宣告准予假釋。
1992年11月29日，台獨聯盟幹部陪同張燦鍙主席返台南市故鄉，舉行大型募款餐會。
數位具有獨盟盟籍的立法委員籌設成立台灣國會辦公室。1993 年3 月19 日正式運作，成員有王幸男、尤宏、李進勇、邱連輝、林國華、梁牧養、許添財、黃爾璇、廖大林、顏錦福等十餘人，歷任主任為黃華、李應元及李憲榮。辦公室協助合作問政，研擬法案，並培養專業國會助理，作為台獨聯盟的年輕幹部。
結合30多個理念相同之社運團體，成立「一台一中行動聯盟」，凸顯台灣主權獨立國家及台灣問題國際化，讓「中國是中國，台灣是台灣」更具體化。由李鎮源院士擔任榮譽召集人，李應元擔任總幹事。配合選舉、修憲等政治議程，台獨聯盟號召動員，參與多次遊行集會，倡議理念
多次潛入、離開台灣的陳南天於黑名單解禁後，正式由高雄入境回台
6月26日，總統府核准設立中央研究院臺灣史研究所籌備處，是「臺灣史」在臺灣正式成為歷史學門獨立研究領域的里程碑，象徵著臺灣本土化運動帶來的機制改變，使臺灣歷史文化重受重視
8月24日「台灣國民制憲運動騎士隊全國宣達團」從屏東出發，沿縱貫線一路北上經主要城市宣講，8月26日下午抵達終點台北台大法學院
選舉期間，海外盟員陸續回台助選。對他們關心台灣前途及民主發展的挺力為咱的同志站台助講，宣揚民主、獨立及建國理念，他們不遠千里的回台行動及精神，值得咱的敬佩。以下是回台名單：11/02 毛清芬、11/09 許世模丶林麗華、11/12 黃昭堂丶蔡武雄、11/14 王泰和丶魏妙圭丶郭正光、11/20 周烒明 丶吳秀惠、11/23 李友義以及林文德、黃玉桂、連根藤等諸位海外盟員同志。
海軍上校尹清楓遺體在宜蘭外海發現，引爆拉法葉艦軍購回扣案，牽涉跨國龐大軍火交易，撼動多國政壇。
1994年縣、市議員及鄉鎮市長選舉，本盟盟員參選者名單如下：基隆市－－吳寶玉、施世明 ， 宜蘭縣－－劉燉亮； 台北縣－－鄭金隆、王文賓，丶陳信銘，苗栗縣－ －周玉滿，台中市－ －蕭杰 ， 南投縣－－洪敦仁、蔡煌瑯，彰化縣－ － 陳金再丶吳長信、劉國財， 雲林縣－－王文祥、鄭朝正，台南縣－－ 曾中山，台南市－－林永祥、劉益昌丶唐瑞明，屏東縣－－李世忠、董一清、林亞相，花蓮縣－－盧博基、王燕美， 台東縣－－黃茂祥，以上參選的盟員同志打贏選戰的計有：周玉滿、蔡煌瑯丶洪敦仁丶劉益昌丶唐瑞明丶李世忠丶盧博基等七位同志， 在此獻上誠摯的祝福， 同時慰勉不幸落選的盟員同志不要氣餒，請奮力再衝刺！
聯盟投入協助募股
1994/04/25 張燦鍙主席就參選民進黨黨主席接受中國時報專訪。
張燦鍙主席受邀參加南非總統曼德拉之就職典禮，並與巴解組織領袖阿拉法特會晤一個小時，交換獨立建國的經驗。
取消副署權，「山胞」正名為「原住民」。
1994年9月台灣國際關係中心在美國紐約舉辦「台灣加入聯合國」國際研討會
台獨聯盟與李登輝合作宣揚「台灣發展經驗」 1995年1月9-10日在台灣召開的「台灣發展經驗」國際研討會議（Technologies for Human Needs -- The Taiwan Experience），由李登輝總統全力支持，邀請聯合國科技發展委員會的會員到台灣開會，「學習」台灣經驗，「肯定」台灣的成就，提升台灣的能見度和國際地位。這是1970年台灣離開聨合國以後首次針對聨合國的實際外交突破。（見下圖） 研討會由美國華府的「台灣國際關係中心」和台灣的「台灣大學」聯合主辦。由國關中心蔡武雄與何康美聯手籌畫，透過與國際建立的友好關係，邀請近20國30名代表與會，是民間外交的重大突破。
獨盟成員李應元等參選
5月6日公開現身，雖被起訴，獲判無罪
建國黨成立，聯盟部分成員參加（也有部分已加入民進黨），黃昭堂主席鼓勵但採等距支持。
1997年6月11日，民間全民電視公司的主頻道兼綜合台民視無線台開播。
凍省
台獨聯盟幹部主席黃昭堂、副主席黃爾璇、秘書長陳南天，應邀赴日參觀美國第七艦隊獨立號航空母艦演習。返台後黃爾璇託人向李登輝總統報告P3C偵測機及小型潛水艇功能並建議購置。
縣市長選舉，民進黨大勝，台南市張燦鍙、台南縣陳唐山、基隆市李進勇參選縣市長當選
本盟盟員參選者·基隆市施世明、新竹縣鐘德才、嘉義市蔡文旭、台南市林俊憲、屏東縣李志聰、台中縣洪墩仁。邵立中參選台北市議員。 施世明、蔡文旭、林俊憲當選。
「獨立之聲府城廣播電台」， 即將在六月正式在古都台南開播，這是台獨禁忌的一大突破，得以合法化的「地上」電台形式，公開大鳴大放的宣揚，在台獨運動史上將具有劃時代意義。
1998年6月30日柯林頓在中國以口頭、在非正式的場合提出，亦即，不支持「兩個中國」或「一中一台」、不支持台灣獨立、認為台灣不應加入任何必須以國家名義才能加入的國際組織。
黃昭堂任理事長。與日本防衛官員交換意見。
立法委員選舉方面，盟員李應元、曾茂興、鄭邦鎮、林國華、王幸男、蔡信德參選區域立委。李應元、林國華、王幸男當選區域立委，黃爾璇當選不分區立委。225席中，中國國民黨拿下123席過半，民進黨70席平盤，中國新黨減半為11席；民進黨逐屆增加的趨勢中斷。台北市長陳水扁連任失敗，高雄市長謝長廷獲勝（第一任）。
《台灣評論》改為《共和國》雜誌雙月刊 10月27日，《台灣評論》改為《共和國》雜誌雙月刊，是聯盟的機關誌。
由「公民投票行動委員會」立法委員兼民視董事長蔡同榮任召集人，發起為期10天的絕食抗議行動，訴求公民投票權，要求台灣前途應由二千一百五十萬台灣人民來決定。 參與者有高俊明牧師、台灣獨立建國聯盟主席黃昭堂、台灣教授協會會長黃宗樂、建國黨主席許世楷等。
「特殊的國與國關係」：時任中華民國總統李登輝在台北時間1999年7月9日下午接受德國之聲錄影專訪時提出，即1991年修憲後，中華民國政府已將國家領土範圍限定於台澎金馬，正副總統與立法委員也僅由台灣選出，並也承認中共在大陸的合法性。台灣和中國大陸的關係早就已經是「國家與國家」，或「至少是特殊的國與國的關係」，而非「一合法政府、一叛亂團體」，或「一中央政府、一地方政府」的內部關係，因此無需宣布獨立。
台日安保論壇理事長黃昭堂及成員等18人應邀參觀日本海上自衛隊演習。
國大選制採政黨比例、廢止國大選舉
主席黃昭堂獲邀參觀美國航空母艦「小鷹號」，與其他大約兩千位日美兩國相關人士一起自日本橫須賀乘艦12小時，並且觀賞戰鬥機起降表演；同行的還有奇美企業董事長同時也是總統府國策顧問許文龍，以及偉詮電子公司董事長蔡焜燦。
總統大選，陳水扁當選。
駐日代表：羅福全；駐美副代表：李應元；原民會主委：尤哈尼．伊斯卡卡夫特；有給職國策顧問：黃昭堂、楊金海；無給職國策顧問：金美齡；環保署副署長：李界木；
