台獨聯盟發起 511 台灣正名運動聯盟，2002 年 5 月 11 日舉行台灣正名運動大遊行，超過三萬人的熱烈參與，美國本部 2002 年 9 月在聯合國所在地紐約，舉辦以台灣名義加入聯合國的馬拉松運動，台灣國內以大型晚會呼應。
2002年11月中國廣東地區出現「非典型肺炎」疫情流行。WHO於2003/03/15正式命名為SARS。WHO至2003/07/31統計– 全球共發現8,096例（台灣346例），且造成774例死亡。台灣在三月中開始出現SARS病例後，至四月中疫情一直控制得不錯，自從四月中和平醫院爆發大量院內感染後（四月二十四日封院），衍生後續的許多問題，包括萬華地區的社區感染，其他醫院大小規模不等的院內感染，使得四月下旬至六月初台灣有較大規模的疫情，經由大家一個多月的共同努力，才將疫情控制下來。
與各連署團體，於7月8日至11日前往立法院門口發動「國號正名公投」60小時靜坐，向朝野立委請願，呼籲儘速審查通過『公民投票法』，加速推動「國號公投」，落實直接民主，因為生存在民主台灣的人民應該擁有行使直接民權的權力。
7月29日至8月1日，台灣國家聯盟結合數十個民間社團發起包圍立法院行動，要求終止服貿賣台協議，反對國共密商，反服貿顧台灣，呼籲政府重視民意，應阻擋服貿協議、重啟談判。
國親聯盟在席次優勢下通過的條文多數屬多重限制的原行政院版本，公投能複決法律、立法原則、重大政策、憲法修正案，公投也能創制立法原則或重大政策，但不得創制憲法；但通過的條文採納民進黨版的「防禦性公投」條文，這是表決時泛綠主張刪除、泛藍卻主張保留的條文。2003/12/31，總統陳水扁簽字公布《公民投票法》，2004/01/02生效
11月30日 陳水扁總統表示，中國在東南沿海部署近500枚飛彈瞄準台灣，這威脅是現在進行式，為了台灣人民，國家需要防禦性的外交、國防，必須啟動防禦性公投。
在李登輝前總統號召之下，黃昭堂主席擔任總指揮，李應元擔任總幹事，結合所有本土政黨及社團成立的「手護台灣大聯盟」，動員 200 萬台灣人走出來，從台灣頭（基隆市和平島）手牽手拉起人鍊到台灣尾（屏東縣佳冬鄉昌隆村）毫無間斷，抗議中國武嚇，展現台灣人集體意志。這個令人感動的活動，讓代表本土政權的陳水扁總統繼續連任。
任期2004/04/16至2006/01/25
台灣制憲運動於圓山大飯店十樓國際會議廳舉行誓師大會，正式啟動制憲運動列車。 總召集人李登輝前總統致詞指出，我們需要一部台灣新憲法，但國號若仍叫中華民國，與台灣國家存在的事實不符，制憲運動是台灣人民建立自己國家的重要起步。
十萬以上民眾參加，成功匯聚立委大選前的人氣。活動訴求實現泛綠過半，方能朝推動正名制憲建國邁進。
民主進步黨89席；中國國民黨79席；親民黨34席；台灣團結聯盟12席；無黨團結聯盟6席；無黨籍4席；新黨1席。
2005年1月15日：兩岸民航業者在澳門協商並達成協議，具體內容如下：1.台商春節包機安排於2005年1月29日至2月20日。2.訂定兩岸的起降航點：北京、上海、廣州、台北及高雄。3.兩岸的航空業營運者均可向其對口單位申請台商春節包機，以「共同參與、直接對飛、雙載客、多點成行」方式運作。4.只限台商乘搭台商春節包機。5.包機中途必須飛經香港飛航情報區上空，惟不用在港澳降落。
手護台灣大聯盟二二八當晚在全國十九個地區舉辦「台灣之光．全球閃耀」晚會。包括北市二二八公園、中市台中公園、高市壽山二二八紀念碑的晚會。根據統計，二二八當天或之前全球有十三個城市將響應台灣的「自由台灣，全球行動」，分別是美國華盛頓、紐約、哥倫布市、費城、洛杉磯、舊金山、加拿大多倫多、溫哥華、英國倫敦、日本東京、大阪、京都，另德國也有一城市將響應。
中國十屆人大三次會議通過反分裂國家法。此外，中國國務院總理溫家寶隨後舉行記者會，指出要採取措施解決台灣、特別是台灣南部地區農產品到中國大陸銷售的問題。
2005 年 3 月 14 日， 中國十屆人大三次會議通過反分裂國家法。 3 月 26 日，本土政黨與社團共同舉辦「民主和平護台灣大遊行」，抗議中國試圖授權政府以軍事方式併吞台灣，反對中國的侵略主義，號召人民站出來讓世界看到，台灣人保民主、愛和平、護台灣的決心。遊行隊伍分成 10 個大隊，匯聚於總統府前凱達格蘭大道，當天有超過百萬人站出來。
主要內容為國會減半和複決入憲。立法委員由225席減為113席，選制則改為單一選區兩票制。原本由國民大會行使的複決權轉由公民直接行使，立法院提出憲法修正案和領土變更案後，均須經由全國選舉人總額過半數之同意，始為通過。此外，原由國民大會行使的正副總統彈劾權，此次修憲後，亦轉由司法院大法官審理。國民大會完全喪失憲法上的職權，正式走入歷史。
「手護台灣大聯盟」及世界台灣人大會發起。以「加強國防，捍衛台灣」為主題，訴求軍購案能在立法院通過。
日本政府自2005年9月26日起，對在台設有戶籍者(即護照上登載有持照人之身分證統一編號者)實施免簽證措施，每次可停留90天。
2008/02/06-2008/02/28鄭麗君發起「逆風前進」環島苦行，
馬英九協同周錫瑋在比利時布魯塞爾喜來登飯店舉辦台北市、縣聯合招商會議，並於開幕致詞完後舉行記者招待會。歐洲台灣協會聯合會、歐洲台灣醫事聯盟、歐洲台灣婦女會以旅歐台灣人的身份，對參加歐盟首府記者招待會的記者發出中、英、法、荷、德、西等六國語言的聯合聲明稿，要求馬呼籲歐盟支持台灣加入WHO。
總統陳水扁春節於台南縣麻豆國中設宴款待地方人士的致詞表示，將認真考慮廢除國統會及國統綱領，獨盟表示支持。2006年2月27日，陳水扁在主持國安高層會議後最終決定，國家統一委員會「終止運作」（cease to function），不再編列預算，原負責業務人員歸建；國家統一綱領也「終止適用」（cease to apply），並依程序送交行政院查照。由於受到在野黨、美國政府等各方面的壓力，他改「廢除」為「終止」。
陳水扁總統在2006年新春致詞中, 勉勵台灣人民嚴肅考慮「用台灣的名字，直接申請加入聯合國」。2006/08/09在演講中強調將推行此一運動。黃昭堂、陳隆志肯定釐定這個既清楚又勇敢的目標，敦請陳帶領台灣國邁進聯合國。表示準備在世界各角落協助展開這個運動。
李登輝赴日領取後藤新平獎以及祭拜靖國神社，參訪奧之細道，台獨聯盟主席黃昭堂陪同。
陳水扁總統以President of Taiwan的身份向聯合國提出「台灣加入聯合國」的申請書，但旋於23日，該申請書被聯合國秘書長無理退還。
2008 年 3 月 22 日舉行的與聯合國有關的公民投票共兩項：一案是由民主進步黨提案的「以臺灣名義加入聯合國全國性公民投票案」，俗稱「入聯公投」；另一案是由中國國民黨提案的「推動我國以務實、有彈性的策略重返聯合國及加入其它國際組織全國性公民投票案」，俗稱「返聯公投」。但兩項公投案均因投票率未達 50% 而宣告失敗。
由台灣安保協會主辦，現代文化基金會協辦，在台北國賓飯店舉行「亞太區域安全與台海和平」國際研討會，邀請民進黨蔡英文主席與日本前首相安倍晉三同台發表專題演講，日本前總務大臣菅義偉(2020年接任首相)到場致詞。
為抗議馬英九國民黨政權意圖強行通過服貿協議，公民衝入佔領立法院，持續至 4 月 10 日，共 23 天的抗爭捲起全台響應。
聲援反課綱運動，由黃文雄發起，共同策畫8月1日晚會與遊行活動
反課綱運動期間，發生不幸的林冠華輕生事件。8月1日，黃文雄委託獨盟於繞行教育部遊行終點舉辦林冠華紀念晚會。
台灣國家聯盟邀集民間社團，前往聲援佔領教育部的反課綱學生。
2016 年蔡英文政府上台後，採取模糊的「維持現狀」、「中華民國是台灣、台灣是中華民國」策略，以中華民國對抗中華人民共和國，雖然宣稱中華民國台灣，護照上仍以「Taiwan」為名增加在國際上的辨識，台獨聯盟雖然肯定這些策略的階段性意義，仍呼籲大家不應忘記台灣仍未脫離中華民國體制。
2016年7月25日，立法院臨時會三讀通過《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》，行政院設「不當黨產處理委員會」，使處理不當黨產終得「法律依據」。
張燦鍙發起「東奧正名」公投，領銜人為紀政，許多獨派社團響應參與。台獨聯盟全力支持、投入連署與宣傳工作。最終以45.2%支持，54.8%不同意，未通過公投。
2018 年，美中貿易戰開始之後，雙方衝突不斷升級。中國意圖向世界擴張，美國為了防堵中國破壞亞太的現狀，亦將台灣納入印太戰略的夥伴。台美實質關係大有進展，高階官員亦可以互訪，而有了台美建交的契機。然而若以中華民國之名與美國「復交」，不符合國際一個中國（中華人民共和國）的現實，也讓台灣陷入國共內戰的框架。為了正確選擇前進的方向，台獨聯盟倡議以「台灣」為名，進行未來的台美「建交」。
台灣獨立建國聯盟與台灣基進、時代力量、台灣綠黨、小民參政歐巴桑聯盟、辜寬敏基金會等六個團體，以「民主行動隊，罷免來作伙」前往花蓮，14日舉行出發記者會，同日日與花蓮多個社團、罷團（台灣東社、花蓮重開機、花蓮微光、花蓮曙光罷免團體）會師，共同為三階投票罷免傅崐萁鳴槍。
為歷史正義發聲 讓真相取代謊言： 台灣不是「被光復」的土地，而是命運自決的主權國家。台灣主權不屬於任何外來政權，而屬於台灣人民。歷史不應成為統治的謊言，而應作為記憶的根基。台灣是台灣人的台灣。
