島內獨派溝通會議第二次會議後擴大為召開海內外獨派溝通懇談會「馬尼拉會議」，由江鵬堅的台灣國際關係基金會發起。海內外台灣政治領袖，3/29-4/3在菲律賓馬尼拉舉行「海外懇談會」，討論台灣制憲，通過「制憲建國」策略。
1991年5月9日凌晨，法務部調查局幹員進入國立清華大學，拘提清大歷史研究所碩士生廖偉程；同日，逮捕國立臺灣大學社會學研究所畢業的文史工作者陳正然、社會運動者王秀惠與傳道士林銀福。政府宣稱上列4人接受旅居日本的台灣獨立運動者史明資助在台灣發展獨立台灣會（獨台會）組織，觸犯刑法一百條因而逮捕。並於同年5月11日逮捕協助林銀福張貼獨台會文宣的安正光。
1991年5月16日，台灣建國運動組織（簡稱台建組織）在台中成立，由陳婉真擔任召集人，林永生擔任總幹事，強調台建組織直接主張「台獨結社權」。 國民黨以超快速度發出「偵字第一號內亂罪」的傳票給陳婉真，要她四天後出庭應訊，陳根本不理會，堅持不出庭。6月22日，「刺蔣案」主角鄭自才闖關回台，在台中市陳婉真的「叛亂餐會」現身。作風強硬的台建組織，開始組成「台灣建國自衛隊」，行使為期21天的抵抗權，向國民黨展開激烈的抗爭。
第二次台灣島內外獨派懇談會於 1991 年 8 月 12 日在日本召開（東京會議）。由台灣建國研討會議、玉山基金會、台灣國際關係基金會主辦，李勝雄、賴義雄執行；議題有規劃建國程序及藍圖等，黃爾璇報告「強化決策和協調組織」
8/31 郭倍宏闖關回台被捕9/2李應元被捕10/18 島內的聯盟幹部鄒武鑑、江蓋世、許龍俊被捕10/18 王康陸、林明哲、陳榮芳三人從香港乘坐小漁船成功由水路闖關回到台灣10/20 王康陸於WUFI台灣本部盟員大會現身被捕(台北海霸王)12/7 張燦鍙返台被捕12/10的「人權之夜」，何康美和毛清芬在台北公開現身，周叔夜在高雄現身1992/1/23 陳榮芳被捕 他們以實際行動來證明台灣人為了返鄉不怕被捕被關，他們都是突破返鄉黑名單的大功臣。
9月7、8日，舉辦公民投票進入聯合國大遊行(中華民國被逐出聯合國20年)
「台灣評論」於1992年10月17日創刊，選在距71年前台灣文化協會成立之日，作為創刊日。最初一年，「台灣評論」委由一群志同道合的學者主辦。嗣後，隨著國內政論雜誌銷路的萎靡，遂改由台獨聯盟自編，作為贈送同好和宣揚理念的非商品性刊物。
總本部與台灣本部合併為直屬本部 1992年10月22-23日，台獨聯盟總本部在龍潭舉行島內第一次中委會，各地中央委員回台報到，24日上午全體到台北高分院張燦鍙調查庭聲援，審理後宣告准予假釋。
8月24日「台灣國民制憲運動騎士隊全國宣達團」從屏東出發，沿縱貫線一路北上經主要城市宣講，8月26日下午抵達終點台北台大法學院
由「公民投票行動委員會」立法委員兼民視董事長蔡同榮任召集人，發起為期10天的絕食抗議行動，訴求公民投票權，要求台灣前途應由二千一百五十萬台灣人民來決定。 參與者有高俊明牧師、台灣獨立建國聯盟主席黃昭堂、台灣教授協會會長黃宗樂、建國黨主席許世楷等。
7月29日至8月1日，台灣國家聯盟結合數十個民間社團發起包圍立法院行動，要求終止服貿賣台協議，反對國共密商，反服貿顧台灣，呼籲政府重視民意，應阻擋服貿協議、重啟談判。
